在王阳明去世后，赣州兵备同时也是王阳明的弟子的张思聪来到南安，和周积一起将王阳明的遗体迎入南野驿，在驿站的中堂内为先生沐浴更衣。早在王阳明离开广西的时候，布政使同时也是王阳明的弟子的王大用就准备了很好的木料，一路乘舟跟随着王阳明，以备王阳明去世后做棺材用。张思聪亲自指挥木匠为王阳明做棺材，然后在棺材内铺好被褥，给王阳明换上礼服。此外，弟子刘邦采听闻先生去世的消息后，也前来奔丧。

十二月三日，张思聪与其他弟子一起设祭，将王阳明的遗体放入棺材。翌日，张思聪等人将棺材抬入舟内，送王阳明的灵柩返乡。南安的百姓无论远近都前来送行，哭声震天，如丧考妣。

当王阳明的灵柩到达赣州时，提督都御史汪鋐在道路上已经布置好灵堂，迎祭王阳明。赣州的百姓也都前来送王阳明最后一程，其悲伤之状和南安的百姓完全一样。

在王阳明的灵柩到达南昌时，巡按御史储良材、提学副使同时也是王阳明的弟子的赵渊等请求让王阳明在南昌多待些时日。南昌的百姓也是朝夕前来哭奠。嘉靖八年（1529年）正月，当时每天刮的都是逆风，舟不能行。赵渊对着王阳明的灵柩说：

“公岂为南昌士民留耶？越中子弟门人来候久矣。”

忽然之间，风向变为西风，载有王阳明灵柩的船顺风驶出。正月六日，抵达弋阳县。钱德洪和王畿带着正宪前来迎接灵柩。二月三日，王阳明的灵柩抵达故里。四日，王阳明的弟子们将灵柩搬到中堂，将所有的丧葬摆设布置完毕。妇女们在门内哭泣，正宪带着弟弟正亿及亲戚子弟在门外哭泣，一干弟子们在幕帐外哭泣。按照丧葬礼仪，朝夕举行祭奠仪式。每日前来凭吊的门人达到一百余人，有的弟子从来了之后一直到王阳明下葬都不曾离去。但是，书院以及各寺院的聚会讲学依然如期举行，就跟王阳明健在时一样。嘉靖八年（1529年）十一月十一日，一千余名弟子抬着王阳明的灵柩，将其葬在了洪溪，四方百姓前来送行者无不涕泪交零。

当时，礼部尚书桂萼为了泄私愤，向皇帝上疏诽谤王阳明：

守仁聚生徒，倡邪说，诋先儒，无所忌惮。虽有擒获判藩之功，但邪说之禁不容姑息。

世宗皇帝听信了桂萼的谗言，下旨削掉王阳明的爵位与荫子，不赐给他谥号，而且严禁阳明学的传播。黄绾立即上疏予以反驳，但是皇帝并没有采纳他的意见。后来薛侃等人因为传播阳明学被朝廷治罪。

尽管阳明学遭到朝廷的封杀，但是信奉它的人却越来越多。嘉靖十一年（1532年），方献夫在北京发起王阳明弟子及同好的聚会，黄绾、程文德、欧阳德和黄宗明等四十余人前来相聚。嘉靖十二年（1533年），欧阳德和众多阳明学的同好相聚于南京。嘉靖十三年（1534年），邹守益在安福创建复古书院；李遂在衢麓建立讲舍，并公开祭祀王阳明。之后，王阳明的弟子中开始讲授阳明学和祭祀王阳明的人越来越多。嘉靖四十五年（1566年），《阳明文录续编》刻印出版。

翌年，即隆庆元年（1567年）正月，明穆宗下旨要求大臣们商议有哪些已经去世的大臣本应得到恩典和赐谥却未能得到的，要立即予以追赠。于是，给事中辛自修、岑用宾，御史王好问、耿定向等共同上疏说：

原任新建伯兵部尚书兼都察院左都御史王守仁，功勋道德，宜膺殊恤。

明穆宗又让礼部和吏部去讨论，得出的结论是：

王守仁具文武之全才，阐圣贤之绝学，筮官郎署，而抗疏以犯中珰，甘受炎荒之谪。建台江右，而提兵以平巨逆，亲收社稷之功。伟节奇勋，久见推于舆论。封盟锡典，岂宜遽夺于身终？

隆庆元年（1567年）五月，明穆宗追授王阳明为新建侯，谥号文成。隆庆二年（1568年）六月，王阳明的儿子正亿荫袭新建伯。

万历十二年（1584年），明神宗下旨将王阳明从祀于孔庙。